נגד הקראים
בשלב מסוים (לא ידוע איזה) עבר לבגדד, ובקיץ של שנת 922 לכל המאוחר הוכתר בתואר "אלוף", ובשנים הבאות היה עסוק בפעילות ספרותית של חיבור ספרים תורניים – בהם ספרי הלכה וספרי פולמוס נגד הקראים.
למעשה, רס"ג לא רק הירבה לעסוק בשאלת הקראים אלא אף היה הראשון שכתב חיבורים שלמים נגדם. הוא התווכח איתם על עניינים חשובים לקיומה של היהדות הרבנית והוויכוחים מובלעים במכלול יצירתו ובסגנון תקיף. הוא לא שמט מידו שום הזדמנות לתקוף את הקראות ולסתור אותה ועל כך זכה להערצת הרמב"ם על אף חילוקי הדעות הפילוסופיים ביניהם.
כדי להבין מעט את הרקע להתהוות הקראות, צריך להיות מודע לעובדה שבעוד שמרבית העם היהודי שהיה מצוי במרכזים העירוניים הותיקים קיבלו עליהם ברצון את הסמכות הבלתי מעורערת של התלמוד, כפי שהגאונים ראו זאת כהכרח וכזכות ופעלו בהתאם; הרי שהיו יהודים שחיו בקהילות הקטנות ממזרח לחידקל, ובעיקר בפרס, והיו להם מסורות שונות מהמסורות שבאו לידי ביטוי בתלמוד הבבלי. בנוסף, במקומות אלה הייתה גם התנגדות למיסים שהטילו שליחי ראש הגולה, כך שההתנגדות לתלמוד הבבלי הייתה לעתים רבות כיסוי להתנגדות לגביית המיסים.
תסיסה זו שהתחילה בפרס התפשטה בקרב יהודי המזרח ולאט לאט הקיפה גם קהילות בארץ ישראל, בסוריה, במצרים ובעוד ארצות. תסיסה זו העלתה על נס את ההתנגדות לתורה שבעל פה ולתלמוד, וממנה התהוותה כעבור זמן כת מגובשת וממוסדת שנודעה בשם הכת הקראית.
בתקופתו של רב סעדיה ידעה הקראות "תור זהב", וזאת בעקבות מעבר מרכז התנועה מפרס לירושלים. כשהתרחקו הקראים מבבל, מישיבותיה הדומיננטיות ומהמוסד השילטוני של היהודים בבבל: מוסד ראש הגולה, יכלו לבנות מוסד משלהם. גם העובדה שבשנת 878 נכבשה ארץ ישראל בידי אחמד אבן טולון, שליט מצרים, ובכך הופקעה מרשותו של הח'ליפה העבאסי שבבגדאד – האירה פנים לקראים.
רב סעדיה התחיל בפולמוס כנגד הקראים כשהיה בן עשרים ושלוש שנים בלבד. תחילה כתב ביקורת על "ספר המצוות לענן" ואחר כך פרסם עוד מסות שמפריכות את דעות הקראים ועקרונותיהם. הוא שעורר את רוב העם, שהיה נאמן לתלמוד ולמסורת התורה שבעל פה, למחשבה שאין לראות בקראים רק יהודים שסטו מדרך הישר אלא יש לראות בהם כופרים בעיקר שמאיימים איום של ממש על היהדות, ולכן יש לנדותם. עיקר הוויכוח היה אמנם בעניין קדמות וסמכות התורה שבעל פה, אבל גם לוח השנה, הלכות הכשרות, נוהגי הטהרה ודיני איסור הנישואין בין שארי בשר היו עניינים לוויכוח נוקב.
על עוצמת השפעתו של רב סעדיה במלחמתו בקראות כתב אחד מחוקרי הקראים (נתן שור, תולדות הקראים, עמ' 69):
"אילולא הזהיר רב סעדיה גאון את היהדות הרבנית מפני הקראות, אפשר שהייתה הקראות משתלטת על היהדות כולה. בזכות אזהרותיו הנמרצות נשארה הקראות כת קטנה שלא היה בה כדי לסכן לא את היהדות ולא את המפעל הגדול של המשנה והתלמוד".
רס"ג הקדיש למאבק הזה מספר לא קטן של חיבורים – כעשרה או יותר – אך אף אחד מהם אינו מצוי בידינו בשלימותו.
